VMwareがエラーを吐いて停止する問題がわかった。
VMwareがD-BUSに悪さするらしい。VMwareを起動させる前にD-BUSを停止させ、VMwareを起動、D-BUSを起動させれば問題なく動く事が判った。
haldは起動刺せようとするとconsolekitが起動するメッセージが出て停止する。なので既にconsolekitに置換えていいものと思ってrc-updateで削除し、consolekitを追加しておいた。これでgdm経由でログインできるようになると思われる。そして上記の手順を実行すればいいわけだ。
GNOMEを消してシンプルなXにし、WMをWindowMakerあたりにしてしまうのも手かも。twmでもいいのですけど、Windowsライクな操作のほうがいいので微妙なところ。

ハードを入れ替えてプロセスが不定期に落ちたり、ログインできなくなったり、カーネルパニックになったりしたのですが、原因がメモリだった。1GBのモジュールを2枚刺してましたが、それとマザーの相性が悪かったみたいです。1枚ならエラーが出ないが何とも。まあ、エラー原因がわかってよかった。
それと、VMwareが起動しない問題が。どうやらhaldを起動しないと駄目らしい。でもhaldを動かすとgdmが落ちて駄目だったり。dbus、consolekit、hald辺りがどうも怪しいみたいです。これらを外したいところですが、いくつかUSEフラグが関連するみたいなのでいろいろ試してみます。

emerge –syncしたらカーネルのバージョンも結構上がってるしPHPも上がって何気にアップデートしたらひどい目にあった。Xは起動してもGNOMEが落ちてグラフィカル環境は壊滅。いろいろと試してるうちにマシンが立ち上がらなくなった。
マシンが起動しない原因はどうも電源スイッチの不良っぽい事が結果的にわかりましたけど、Socket603のXeon2.4GHzでしたが、メモリーがRIMMで増加も高くのとマシンの轟音が前から問題でした。P4 3GHzとマザー、DDRが余ってたので入れ替えました。電源も剛力が余ってたので何とかなった。
それでもGNOMEが落ちる問題が解決してないのでそれからかな。PHPのバージョンが上がって警告が出る関数があるのでスクリプトも何とか対処しないと。あと、VMwareも起動しないかも状態なので安定までは先が長そう。