一通りデータ救済が出来たので、chkdskをかけてみました。結果は異常なし。不良セクタもなし。謎が深まるばかりです。
動作的にはデータを取り出すときに時間がかかる場合がありますけど、正常に読めてしまうという感じでしょうか。いつ潰れてもいいように、重要なデータはおかないようにして使い続けようかと思います。