今回カーネルを作成してリブートしたら/dev/hdXXが見えなくなってました。すべてのHDDが/dev/sdXXへ統合されてる感じ。もしかすると以前からなのかもしれませんが。
結構前からIDEドライバがATAドライバに統合される関係で無くなるって話でしたが、ついに来たかといったところ。
対処としては、grub.confのreal_rootの指定の変更、/etc/fstabの編集が必要でした。あと、grub-installを使ってるとdevice.mapの変更も必要です。これらのデバイスを正確に合わせれば難なく移行できると思います。まあ、人によって環境は違うのでケースバイケースですけどね。