http://www.technoblest.com/cryptainer/index.html
仮想ドライブをマウントし、そのドライブをマウント時にパスワードをつけられるみたい。作業は通常のボリュームなので違和感ないです。マウントと外すのが面倒ですけど、PC落としてから抜けば問題ないか。
これなら万が一盗まれても中身が漏洩することは無いでしょう。
あとは、使うPC上でウィルスなどが入らなければいいわけで。
取り合えず、LE版はフリーだし、25MBの領域での作業でいいなら十分使えます。もっと広いのが欲しいならパッケージを買えばいいし。