ちょっと放置してたので立ち上げてメンテを。そうしたらデスクトップ上のアイコンが表示されない状態に。~/.xsession-errorsをみると.metacity/sessions/default.msというのが無いのでエラーとの事。このファイルは自分で何かした記憶は無いので、.metacityをリネームし、ログオンしなおしたら問題なく表示されるようになった。リネームしたディレクトリは消しても問題ないかも。
最初はgnome-*/gnome-*のどれかのパッケージが問題？と思ったのですが、設定だけでよかったです。
そういえば、カーネルが2.6.27-gentoo-r7からr8になってた。何も考えずgenkernel –menuconfig allでパラメータを確認しつつコンパイルし、nvidia-driversのコンパイル…と思ったらマスクしていた場合できないみたいで、/etc/portage/packges.maskをリネームして同じバージョンでコンパイル、マスクを戻して再起動しました。（GRUBの設定もしたけそ）これからこういう作業になると思うとちょっと面倒かも。