１．emerge –sync
２．emerge -uDNp worldでアップデートされるパッケージを確認。
　マスクされるパッケージは警告が出るのでチェック。不要なら消す。
３．gentoo-sourcesがある場合は先行してアップデートし、カーネルを再作成。
４．emerge -uDN worldでアップデート。
５．カーネルが新しい場合、下記パッケージをリコンパイル
　・nvidia-drivers(ati-driversもそうかも）
　・xf86-input-*(不要な場合が多いけど一応。）
　・vmware-playerを起動してupdaterでモジュールをアップデート。
６．opensslが含まれる場合、proftpdをリコンパイル。
７．２でライブラリとか消した場合も含めてrevdep-rebuildでリンク切れをチェック。切れてるファイルを一覧し、equery b ファイル名でパッケージ名を調べてリコンパイル。（revdep-rebuildは消されたライブラリを再コンパイルするので参照する側をコンパイル）
８．念のため再起動。
うちの環境ではこれくらいかな？使うパッケージの組み合わせではもっといろいろありそうな感じです。