正確にはconfigureでエラーになったのですが、原因がよくわからなかったので時間がかかった。
error: invalid ltdl library directory:
こんなメッセージ（の一部ですが）が出ていてconfigureが途中で中断されてました。問題はltdlが駄目らしいってわかるのですが、またライブラリの.laファイル関係かなとか思ってlafilefixerを実行しましたが解消しませんでした。
アップデートするパッケージを先にコンパイルして再度emerge -uDN worldで実行してみても変わらずでした。
ltdlが駄目ってことなので、findで見つかっていたltdl.hを探して含まれるパッケージであるlibtoolをリコンパイルしてみたら…コンパイル後に出るメッセージにrevdep-rebuildでライブラリを使ってる関連パッケージのリコンパイルと古いライブラリを消せとの説明が。これって最近よく出るメッセージの１つなので見落としてました。古いライブラリを消したら問題なくコンパイルが通りました。
他にもライブラリが古くて問題が起きれば解消できますけど、潜んでいて何かしら問題が出るのは困る。一覧を出すようなプログラムはないのか？とか思ってしまった。
Gentooは使ってるパッケージの組み合わせで何らかの問題が発生しやすいと思うのでこれが難易度を上げてる原因と思う。ローリングリリースタイプが保守しやすいと思ってGentooを使ってますけど、他にもいくつかあるみたいなので乗り換えたほうがいいのか考え中。Arch Linuxも同じ感じでバイナリで入れるのですけど、個別にソースを持ってきてコンパイルもできるみたいなので気になってます。rpmとかdeb系はdevelとか別になってるので嫌いだったりする。