Ver0.95.3ですが、カナの句点が半濁点に置き換わるのに気づきました。
MZ-2000で句点は$A1で、emuz2000_charcode.txtで相当する文字は全角の句点になってます。ペーストしてみると半濁点になってしまうという。MZ-2000の半濁点である$DFに相当する文字をペーストしてみると、半濁点になるので入れ替わってるというわけではなさそうです。バージョンによって違うのかどうかは未確認です。
ソースを眺めてみると、copypaste_pastekbddataのテーブル内で$A1と$DFに相当してると思われる値が同じなのが気になってます。これが原因なのかなと思いますが、キー入力の処理を調べてみないと値がわからないので憶測の領域です。
現時点では、句点はペースト後に手打ちで直してるので実害なしです。WindowsのテキストベースでBASICプログラムを管理する人は要注意かも。