いろいろいじって、だいぶ慣れた。掲載された号には起動オプションの説明もなかったので、本家作者のページhttp://www.deturbulator.org/jim.asp ここにあるVer2.xの書庫内にあるドキュメントを見てました。改めて検索してると、Oh！石さんのページに補足があった。http://www.retropc.net/ohishi/s-os/4/smallc.txt ディスクが破損する原因もここに書かれてます。
includeは全然読み込まなくて謎だったのですが、原因はファイル名を大文字にしてたからでした。小文字にしたらうまく読み込めた。コンパイラを含むディスクには大文字でオリジナルを置いて置き、作業ディスクにコピーして小文字にして利用するといいらしい。まあ、stdio.hしかないし、ユーザーのヘッダファイルも同じディスクに入れるようにすれば問題なさそう。それにstdio.h内の必要なdefineだけをソース内に持つのも手なのでincludeを使わない方向でプログラムを作ればよさそうです。