元々Windowsで持ってたデータを一時Linuxへ持って行きましたが、そのときはSamba経由で単純コピーで行ってました。smb.confの設定（dos charsetをcp932、unix charsetをUTF8）でファイル名に漢字が使われてても問題ありませんでした。
それをtarで固めてWinへコピーして展開すると当然ファイル名が文字化けします。書庫で移行したい場合は？と思っていろいろ調べてみると、lhaで圧縮するときにsjisへ変換して圧縮という手もあるとわかりました。
あ、でも結局Linuxマシンで展開してSamba経由で単純コピーしてしまいましたけどね。元々圧縮しようと思ったのは２ｃｈの過去ログとか持っててその中にLoveletterのウィルスに見せかけた書き込みが多数あるのでそれを放置してたからコピーの度に警告が出て面倒だったのが原因ですけどね。コピーするときオンラインスキャンを停止すればいいのでコピーしておしまいでした。